Precisamente es eso, una franquicia por cada siniestro.
Si es un único accidente (un único siniestro), aún dañándose diferentes zonas del vehículo, solo pagas una vez la franquicia (un siniestro, una franquicia).
Sin embargo, si tenemos diferentes toques en el vehículo por diferentes siniestros en el tiempo (típico golpecito que te encuentras en el coche y no merece la pena pagar la franquicia), y queremos reparar todos a la vez, al ser diferentes siniestros (en tiempo diferente cada uno de ellos), tocará abonar franquicia por cada zona a reparar. Esto es lo lógico siguiendo el criterio "un siniestro, una franquicia", pues la misma se ha de abonar por cada accidente, y en este caso son múltiples accidentes que se quieren reparar a la vez.
Desconozco si Josealfa tiene firmada alguna clausula que alejándose del proceder general de las Compañías Aseguradoras (un siniestro, una franquicia) le hace abonar siempre una franquicia por zona del vehículo, pero desde luego si es así, no es lo habitual.
E importante, no confundir un único siniestro (un único accidente) con una sola "comunicación de daños (parte de accidente)", ya que en un única comunicación se pueden incluir diferentes siniestros ocurridos a lo largo de un determinado tiempo. Esta última comunicación, lógicamente es relativa a siniestros diferentes que se comunican en una solo acto, pero se han de abonar varias franquicias dependiendo de las diferentes zonas dañadas.
Un saludo